Jedną z kwestii spornych w sprawie in-vitro jest problem zamrażania niewykorzystanych zarodków. Przeciwnicy sztucznego zapłodnienia uważają, iż jest to niedopuszczalne, ponieważ zarodki, które po zapłodnieniu nie zostaną wszczepione do macicy matki, po prostu umierają. Naukowcy jednak zapewniają, że zamrożony zarodek wręcz zyskuje szansę na życie, ponieważ może zostać wykorzystany w przyszłości (na przykład gdy dana para zdecyduje się na kolejne dziecko). Kliniki leczenia niepłodności nawet wymagają od pacjentów podpisania zobowiązania, że jeśli nie będą chcieli mieć więcej dzieci, z ich zarodków może skorzystać inna para. Nie ma więc mowy o niszczeniu zarodków, co z pewnością może uspokoić część przeciwników in-vitro.